在種苗育苗生產過程中最重要的工作是水分管理。但是在實際工作過程中卻常常由經驗不多的人來做。在不恰當的時間或者用錯誤的方式澆水，會嚴重影響穴盤苗的生產。
絕對不允許穴盤苗完全干燥；反之，基質中水分過于飽和也不行，會造成根系缺氧（0-2%）
穴盤苗生產水分管理一般以子葉展開為分界線。
在子葉展開之前的水分管理比較簡便，即要穴孔基質的下半部一直保持濕潤。僅僅控制穴孔上半部分基質的干濕交替即可。
而在子葉展開之后則要根據環境變化和植株長勢，控制穴孔基質下半部見干見濕。你可以在澆水前挖起一部分基質，觀察下半部分是否有一定的濕度。當然托起穴盤估計它的重量，以此判斷基質的濕度是一種較為理想的測試方法。前提是你要有一定經驗知道穴盤在不同濕度水平時的重量。也可以抬起穴盤看看穴盤底部的基質是否變干，以此決定是否補充水分。通過澆水，讓10%的水滲出穴盤外，便可進入濕周期。當施肥或灌藥的時候，必須澆透。而澆清水時則只需澆至水流過穴盤。
基質中的水是通過蒸發和根對水的吸收而損失的，前者在子葉展開前起主要作用；而在子葉展開之后，受到蒸騰作用所主導的根對水的吸收起到主要作用。所以這時我們要根據環境氣候的變化對植物蒸騰作用的影響來判斷該如何澆水。
比如遇到以下狀況，水只到穴孔一半比較合適：
1、天氣由晴轉陰、轉冷，或者溫室內濕度特別高。水分蒸發較慢，蒸騰作用較低，穴盤不易變干。 　 2、穴孔下半部仍舊有一定濕度。
3、第二天需要對幼苗進行施肥。
育苗者在天氣熱的時候，用水流一半的技術，可以有效控制苗的徒長。
如果澆水次數過多，那么植物容易徒長，減少基質透氣性，對根系造成損傷，從而容易感染病菌。 　溫室內澆水是最重要的任務，不應該一個沒有經驗的人去操作。澆水需要更多的是工人不斷主動累計的經驗而并非書面或者口頭傳授的知識。
關于水質方面的幾點注意事項： PH、堿度和EC。
生產用水的PH值的范圍應在5.0-6.5之間，因為絕大多數營養元素和農藥在此范圍下是有效的，超出這個范圍的有效性便會大大降低。水的堿度則代表其緩沖能力，如果堿度太低，則基質PH值會隨化肥的酸堿度而大范圍浮動。從而可能導致某些微量元素缺乏或中毒，如果堿度太高，也容易導致某些微量元素缺乏，如鐵、硼等。EC值，一般不含肥料的灌溉水的EC值要低于1.0ms/cm，才適宜生產。高濃度可溶性鹽類會降低萌發率，損傷根和根毛以及灼傷葉片。不要讓穴盤中的基質太干，否則會使根系周圍的鹽濃度增大3-4倍。
一般對于鈣鎂含量很低的軟水，堿度很低，需要使用含有鈣鎂的堿性肥，這樣可以增加其緩沖能力。如果堿度較高，則不需要使用這類肥料，同時要注意用酸性化肥調節。
特別要注意的是北方某些地區，在夏季雨季來臨時，地下水的硬度、PH值和EC值都會比往常明顯偏高，容易降低磷肥的利用率，并導致缺鐵等微量元素缺乏癥出現，所以不管是在室內還是室外種植盆栽花卉養花的時候 移動苗床網 的安裝 至關重要！！！可以防止盆栽地面積水 流不出去這些有害的水漬， 尤其是使用代森錳鋅等含錳的廣譜性殺菌劑時更要注意缺鐵癥的出現和防治。因為鐵最容易和錳發生競爭，當基質潮濕且溫度低于15°C時，PH值高于6.5，鐵將不能有效地被根吸收。